掲題の通りです。
Atomのパッケージ追加は、当分以下のコマンドで行います。

> apm install [パッケージ名]

参考

参考のURL先で詳しく説明がされているので、自分の状況はざっくり残しておきます。

環境

Windows10
Atom 1.36.1

ユーザ認証が必要なプロキシ環境下で、AtomのSettingメニューからパッケージを追加しようとしたところ、以下のエラーが発生

tunneling socket could not be established, statusCode=407

.apmrcファイルの設定は以下のようにしていました。

http-proxy = http://(ユーザ名):(Password)@(Proxyサーバアドレス):(Port番号)
https-proxy = http://(ユーザ名):(Password)@(Proxyサーバアドレス):(Port番号)

※パスワードに記号（特殊文字、予約文字など）を使っていて、それがうまく読めないみたいです

http-proxyと、https-proxyに同じ設定をしているのに、
http-proxyでは、「$」、
https-proxyでは、「%24」、
とURLエンコードされていました。